QJW 发表于 2025-6-13 23:44 ORCA手册的NEB章节引用了很多文献，可以自己查一下 |
wzkchem5 发表于 2025-6-10 20:01 老师，论坛有推荐ORCANEB的文章吗，感觉心里没底，想懂一下原理 |
QJW 发表于 2025-6-10 18:46 随不同程序的默认设置不同，答案未必一样。一般而言，双键的顺反异构不会发生，诸如丁二烯中间那根C-C单键的s-cis、s-trans构象异构是可以发生的，酰胺C-N键顺反异构可能发生也可能不发生 |
wzkchem5 发表于 2025-6-10 15:53 老师，关于构象搜索这个问题，如果一种柔性分子有顺式反式两构象，其中反式构象效果远好于顺式，那么在反应过程中会因为这个导致分子的构象发生顺反式转变吗？如果会的话，是不是也要计算能垒什么的 |
wzkchem5 发表于 2025-6-10 15:53 谢谢老师！我懂了！ |
QJW 发表于 2025-6-10 15:02 我已经说了，可以去搜Markus Reiher的文章 |
wzkchem5 发表于 2025-6-10 08:21 谢谢老师，有什么办法通过一个稳定态去找他相邻的过渡态吗 |
QJW 发表于 2025-6-10 00:25 IRC是已经知道过渡态的情况下找反应路径，NEB是不知道过渡态的时候同时找到过渡态和反应路径。 高斯不支持就用ORCA，等审稿人叫你补NEB计算的时候就知道了，你不能以高斯不支持为理由不用，因为ORCA是免费的 |
wzkchem5 发表于 2025-6-9 16:46 好的老师，我又看了一些，IRC和NEB是一个效果吗，高斯好像不能NEB,辛苦老师！ |
QJW 发表于 2025-6-9 15:59 ”计算不了“这个范围太宽泛，必须上传你的完整输出文件和stderr输出（光给几行报错信息是不够的），才能讨论原因 |
wzkchem5 发表于 2025-6-9 09:18 辛苦老师，还有个疑问，一个多步反应直接用NEB发现计算不了是我的参数问题还是用法问题？ |
QJW 发表于 2025-6-8 20:34 一般根据化学常识，自行穷举所有可能的中间体和过渡态。其中不重要的基团的构象可以用构象搜索来产生，但是过渡态需要断哪根键、成哪根键是需要人工确定的。 如果连过渡态的大致样子都不知道，但反应物和产物是已知的，那么用NEB找过渡态，找到了再做构象搜索。 如果不仅不知道过渡态，反应物和产物有至少一个也是不知道的，那么需要用自动搜索反应路径的方法（可以查Markus Reiher的文章），但极为耗时 |
wzkchem5 发表于 2025-6-8 18:13 我现在了解到的是DFT求得是区域极小值，然后那个分布好像是稳定态的分布，然后我就尬在这里了  |
wzkchem5 发表于 2025-6-8 18:13 辛苦老师！还有个问题，对于反应可能的过渡态和中间体怎么讨论呢，哪怕前后都构象搜索了，中间可能的中间体和过渡态肯定是未知的，这个是要给个初猜然后算吗，那怎么确定自己的初猜就是最可能的那个路径呢？ |
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