http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html

二氧化硅的参数，你按照这个去做

注意检查SiO2的[bonds]中是否有跨盒子的bond项，否则都不是周期性体系，作为孤立体系自然会飘动

并且你都没写periodic-molecules = yes，http://sobereva.com/soft/Sobtop里面明确说过：

在GROMACS里做此体系的动力学模拟的时候别忘了在mdp里要加上periodic-molecules = yes，这样GROMACS才能考虑跨盒子的力场项，否则当前体系从拓扑关系上会被当做一个孤立的环状体系看待。