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小白求助如何得到小分子参数相关文件

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王肖索

发布时间: 2025-4-17 18:23

正文摘要:

请教各位大佬，我要建成如图的体系，蛋白质已经用charmm27力场跑md，配体用charmm-gui得到相关文件itp好像不太全，所以用了swissparam（看到说和27力场耦合更好）(amber还没接触到和cgenff登录不了）GDP结构找到文献 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-23 11:53:34

王肖索发表于 2025-4-23 09:35
Sob老师因为我在实验中心集群用charmm力场，所以不能用sobtop生成的文件了

完全是开玩笑
拓扑文件是你自己的，参数体现在里面，谁规定在这集群上跑的模拟非得用CHARMM的参数了？

王肖索 发表于 Post on 2025-4-23 09:35:35

sobereva 发表于 2025-4-18 05:52
小分子十分推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件

Sob老师因为我在实验中心集群用charmm力场，所以不能用sobtop生成的文件了

sobereva 发表于 Post on 2025-4-18 05:52:55

小分子十分推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件

student0618 发表于 Post on 2025-4-17 22:10:38

本帖最后由 student0618 于 2025-4-17 22:30 编辑

为什么用charmm27力场？非特殊情况CHARMM系列现在建议用CHARMM36m的，不然跑完会被审稿人质疑的。

而且CHARMM-GUI的小分子力场库有GDP的，所谓不太全具体是指缺了什么？具体操作用什么工具，所有步骤，遇到的报错？

我以前给合作的组用CHARMM-GUI建蛋白-GDP和蛋白-GTP体系都能直接跑的。

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