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求助将pdb文件导入到ms后,如何显示盒子的边框

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发布时间: 2025-4-16 17:03

正文摘要:

各位老师好,最近在构建模型的时候有一些疑问。我构建模型的时候使用了ms搭建小分子,然后使用packmol填充成盒子,将盒子的pdb导入到ms后发现没有盒子的边框,在vmd中也没有显示,折腾了半天也没效果。之后我又使用m ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-17 14:50:52
294459463 发表于 2025-4-17 09:49
好的,packmol构建的文件中有CRYST1    41.28    41.26    41.29  90.00  90.00  90.00 P 1           1 ...

不是所有程序都会读取pdb里的盒子信息
可以用Multiwfn载入pdb,然后主功能100的子功能2导出cif文件再载入M$,cif里的盒子信息是所有程序都会载入的

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294459463 发表于 Post on 2025-4-17 09:49:27
chemTT 发表于 2025-4-17 09:14
你看一下pdb文件前几行有盒子的信息吗,没有可以手动添加一下,有的话就正常了。另外,用packmol建的模型好 ...

好的,packmol构建的文件中有CRYST1    41.28    41.26    41.29  90.00  90.00  90.00 P 1           1这一行信息,我用vmd的pbc box命令可以加载显示盒子,在ms里就不行,可能ms还在格式上有一些要求吧。



294459463 发表于 Post on 2025-4-17 09:30:42
sobereva 发表于 2025-4-17 03:59
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

好的谢谢卢老师
chemTT 发表于 Post on 2025-4-17 09:14:31
你看一下pdb文件前几行有盒子的信息吗,没有可以手动添加一下,有的话就正常了。另外,用packmol建的模型好像默认没有盒子,得自己再添加
sobereva 发表于 Post on 2025-4-17 03:59:34
不要自己在标题里手写【求助】这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意

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