请教老师，atb生成的拓扑文件与sobtop生成的可以合并使用吗？

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发布时间: 2025-4-16 15:38

我在ATB上下载了所需要的分子及其itp文件，写了一个a.top文件，用的是gromos54a7_atb.ff力场。但是我需要在体系中添加石墨烯层，ATB无法生成，我就在VMD中画出石墨烯导出pdb，然后在sobtop中生成itp文件，将其#inc ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-17 16:22:27

用sobtop产生小分子拓扑文件不就完了，根本没有任何理由要和ATB产生的拓扑文件混用

ca是GAFF力场里描述芳香碳的专门的原子类型，适合石墨烯。

xxx127 发表于 Post on 2025-4-16 21:16:16

student0618 发表于 2025-4-16 20:30
Amber and GROMOS FF use different functional forms, so no.
http://sobereva.com/soft/Sobtop/ search ...

您好！那请问加了石墨烯层怎么生成gromos54a7_atb.ff力场下的拓扑文件呢？

student0618 发表于 Post on 2025-4-16 20:30:24

Amber and GROMOS FF use different functional forms, so no.
http://sobereva.com/soft/Sobtop/ search GROMOS

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