算两类分子的分子间作用力，选LJ-(SR)，但是出来的结果不对，数大的很离谱

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发布时间: 2025-4-11 22:20

算两类分子的分子间作用力，选LJ-(SR)，但是出来的结果不对，数大的很离谱。求问各位大佬是哪里的问题？

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sobereva 发表于 Post on 2025-4-13 01:09:29

horno 发表于 2025-4-12 13:33
我给他重新做了一下，想请教一下这些参数哪个可以表示相互作用啊，谢谢！

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

horno 发表于 Post on 2025-4-12 13:33:58

sobereva 发表于 2025-4-12 10:11
mdp里定义能量组，然后对已有的轨迹做rerun，再从edr里提取
论坛首页全文搜索框搜过往的相关讨论，回答 ...

我给他重新做了一下，想请教一下这些参数哪个可以表示相互作用啊，谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2025-4-12 10:11:03

horno 发表于 2025-4-12 09:28
谢谢老师，我想问一下两类分子间的相互作用应该怎么算，谢谢！

mdp里定义能量组，然后对已有的轨迹做rerun，再从edr里提取
论坛首页全文搜索框搜过往的相关讨论，回答过无数次

horno 发表于 Post on 2025-4-12 09:28:50

sobereva 发表于 2025-4-12 01:32
7明明是体系总的LJ作用势能，而不是两类分子间的
分清楚作用力和作用能，看下文第12部分
计算化学中的一 ...

谢谢老师，我想问一下两类分子间的相互作用应该怎么算，谢谢！

sobereva 发表于 Post on 2025-4-12 01:32:03

7明明是体系总的LJ作用势能，而不是两类分子间的
分清楚作用力和作用能，看下文第12部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

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