Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-10 22:22
我按http://sobereva.com/594的方法结合Gaussian和GaussView构建出了这个五元环并接的纳米带，具体流程见这 ...

感谢老师的分享！

imasen 发表于 2025-4-11 10:07
分享一下我的做法，整个建模过程也就两三分钟。

1. 在chemdraw画好链状的12个五元稠环，确保键连方式是 ...

感谢老师的指点！

分享一下我的做法，整个建模过程也就两三分钟。

1. 在chemdraw画好链状的12个五元稠环，确保键连方式是自己想要的（不要出现亚甲基之类四面体的C）。

2. 复制到chem3D里，可以看到几何结构有些错乱，但没关系直接保存成mol2（记录键连方式）文件。

3. gaussview打开后，由于有着我们想要的键连方式，直接点击小扫把clean工具，一步就变成了合理的直链结构，注意高亮的部分是在环状结构中重叠的原子。

4. 删掉多余的CH原子，按照环状方式连接首尾原子，然后疯狂点击clean工具，就得到想要的环状结构了。

5. 最后可以用xTB优化一下，几秒钟就搞定了。

其实不管是平面稠环，还是环状的三维稠环，有正确的连接方式（有机化学里的单双键交替的路易斯式），clean工具都能比较好地优化出来。

我按http://sobereva.com/594的方法结合Gaussian和GaussView构建出了这个五元环并接的纳米带，具体流程见这帖，结果的.xyz文件如下：

1. 48
   
2. nanobelt made of 12 five-membered rings
   
3. C              2.81011100    1.62462600   -1.49323200
   
4. C              2.73987300    2.27606500    0.68086300
   
5. C              2.42986500    2.60584100   -0.68063600
   
6. C              3.42953900    0.99936900    0.64199900
   
7. C              0.85135600    3.47739400    0.64139300
   
8. C              1.19813800    3.37285200   -0.64196300
   
9. C              1.78424100    2.71634900    1.49349600
   
10. C             -1.03997500    3.41102600   -0.68111400
    
11. C              0.00012500    3.25150000   -1.49374800
    
12. C             -0.59920200    3.51601700    0.68034900
    
13. C             -2.58060000    2.47507100    0.64169800
    
14. C             -2.31803500    2.72395600   -0.64176400
    
15. C             -1.45611200    2.90557900    1.49316600
    
16. C             -3.46680900    0.80303200   -0.68038800
    
17. C             -2.81011100    1.62478100   -1.49341800
    
18. C             -3.33694100    1.23683200    0.68099200
    
19. C             -3.42953900   -0.99936900    0.64199900
    
20. C             -3.51295500   -0.64715700   -0.64132600
    
21. C             -3.23719500    0.18940700    1.49380100
    
22. C             -2.42986500   -2.60584100   -0.68063600
    
23. C             -2.81011100   -1.62462600   -1.49323200
    
24. C             -2.73987300   -2.27606500    0.68086300
    
25. C             -0.85135600   -3.47739400    0.64139300
    
26. C             -1.19813800   -3.37285200   -0.64196300
    
27. C             -1.78424100   -2.71634900    1.49349600
    
28. C              1.03997500   -3.41102600   -0.68111400
    
29. C             -0.00012500   -3.25150000   -1.49374800
    
30. C              0.59920200   -3.51601700    0.68034900
    
31. C              2.58060000   -2.47507100    0.64169800
    
32. C              2.31803500   -2.72395600   -0.64176400
    
33. C              1.45611200   -2.90557900    1.49316600
    
34. C              2.81011100   -1.62478100   -1.49341800
    
35. C              3.33694100   -1.23683200    0.68099200
    
36. H               2.38051000    1.42371400   -2.46572900
    
37. H               1.55730200    2.30005300    2.46611700
    
38. H              -0.04016700    2.77882000   -2.46621600
    
39. H              -1.20702400    2.50041400    2.46503900
    
40. H              -2.42129500    1.35464300   -2.46637900
    
41. H              -2.76255700    0.20216900    2.46615300
    
42. H              -2.38051000   -1.42371400   -2.46572900
    
43. H              -1.55730200   -2.30005300    2.46611700
    
44. H               0.04016700   -2.77882000   -2.46621600
    
45. H               1.20702400   -2.50041400    2.46503900
    
46. H               2.42129500   -1.35464300   -2.46637900
    
47. H               2.76255700   -0.20216900    2.46615300
    
48. C              3.23719500   -0.18940700    1.49380100
    
49. C              3.46680900   -0.80303200   -0.68038800
    
50. C              3.51295500    0.64715700   -0.64132600
    

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