sobereva 发表于 2025-4-9 04:14 好的，谢谢sob老师！ |
DXCdxc 发表于 2025-4-8 15:47 自己写程序转成多帧xyz文件 看 谈谈记录化学体系结构的xyz文件 http://sobereva.com/477 使用CP2K过程中常用的可视化工具 http://sobereva.com/739（http://bbs.keinsci.com/thread-52567-1-1.html） 建议直接弃了Dmol3，又贵又慢又弱又不流行又不灵活，各方面比又快又强大又好用又免费又流行的CP2K差远了。 |
Stardust0831 发表于 2025-4-8 15:43 感谢，不过MS里面我没看到有MEP轨迹文件，倒是.xtd文件有原子移动的轨迹，但是我用VMD打不开  |
DXCdxc 发表于 2025-4-8 15:37 已经得到MEP轨迹的话，按3楼说的，导出MEP轨迹文件，用vmd可视化轨迹。 |
Stardust0831 发表于 2025-4-8 15:13 我是用的DMOL3算的，是已经算完了的，就是不知道该怎么做出上面这样的图 |
imasen 发表于 2025-4-8 13:25 他现在应该是NEB还没有跑出来。还没到可视化的这一步。 |
imasen 发表于 2025-4-8 13:25 请问这是一个软件吗？我该怎么打开呀？？ |
Stardust0831 发表于 2025-4-8 13:13 好的，感谢，但没使用过CP2K......  |
轨迹文件用vmd打开，Draw Multiple Frames中begin和end间选择合适的步长就可以展示迁移轨迹了。
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本帖最后由 Stardust0831 于 2025-4-8 13:16 编辑 是通过Nudged Elastic Band（NEB)方法算的。提供迁移的起点和终点，对路径插点并优化，可以同时得到迁移路径和对应的能量。 详见《过渡态、反应路径的计算方法及相关问题》 可以借助sobNEB完成插点并由cp2k完成NEB计算《sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具》 |
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