感谢各位

Stardust0831 发表于 2025-4-8 13:21
跑飞的问题可以参考帖子《求助：用xtb做构型搜索的时候结构跑散了怎么办 》中社长给的PPT，加上球形限制势 ...

感谢提示，我试一下这个方法

imasen 发表于 2025-4-8 13:20
首先需要考虑实际情况下正确的质子化状态，比如是固相结合氨气分子，还是水溶液中结合铵根离子，当前pH下羧 ...

感谢回复，当前反应条件应该没有去质子化，研究的实际条件是固相有机物吸附氨气分子。上述图片为大概画了个示意图，没做结构优化，感谢指正。

18217265596 发表于 2025-4-8 13:18
你这个直接酸碱反应了吧。

是的，对于羧基可能发生反应存在化学键作用。但修饰前只有暴露氨基，这个可能以氢键作用为主

跑飞的问题可以参考帖子《求助：用xtb做构型搜索的时候结构跑散了怎么办 》中社长给的PPT，加上球形限制势再试。

首先需要考虑实际情况下正确的质子化状态，比如是固相结合氨气分子，还是水溶液中结合铵根离子，当前pH下羧基是否去质子化。结合构型采样可以直接用genmer做（http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html）。采样前最好给当前结构在GFN2-xTB下优化一下，比如现在的酰胺键结构就是错的。

你这个直接酸碱反应了吧。