tptp 发表于 2025-4-6 10:38
做两相体系你Z方向上不要设置周期性，要不然就会变成水一层油一层水一层油一层这种千层饼结构了。这个问题 ...

我盒子周期性确实设置的是pbc=xyz，是要改称pbc=xy吗？packmol建模建的是两相分开的模型，盒子上半部分是有机相，下半部分是水相。谢谢您，为试一下

做两相体系你Z方向上不要设置周期性，要不然就会变成水一层油一层水一层油一层这种千层饼结构了。这个问题应该是你用packmol建模的时候坐标没搞好？

tptp 发表于 2025-4-3 06:45
在拓扑文件里引入力场，然后引入力场的某个水的拓扑。比如amber力场的

老师您好，我想问一下出现上面这种情况该怎么解决呢？

Julia 发表于 2025-4-2 21:19
原来如此，谢谢您！因为我别的小分子分子力场用的都是GAFF力场，添加水模型的话是不是要在top文件中inclu ...

在拓扑文件里引入力场，然后引入力场的某个水的拓扑。比如amber力场的

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-2 21:00
现在明显是水相蒸发了。为什么你的water.itp是sobtop生成的，而没按http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ2 ...

原来如此，谢谢您！因为我别的小分子分子力场用的都是GAFF力场，添加水模型的话是不是要在top文件中include水模型对应的另一个力场文件？我之前用的是gromos力场，但GAFF和Gromos好像不兼容，就运行不起来。如果引用水模型的话我的top文件应该怎么修改呢？

现在明显是水相蒸发了。为什么你的water.itp是sobtop生成的，而没按http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20所说用现成的合理的水模型呢？换完水模型可以先不加溶质只模拟两相溶剂界面，正常了再加溶质。

Stardust0831 发表于 2025-4-2 18:12
萃取剂分子聚成一个或两个团簇，这不就是已经相分离了么？你给出的文件里没有轨迹文件或者结构文件，我们也 ...

您好，我添加了一个md跑完的结构截图您看一下，感谢~

Stardust0831 发表于 2025-4-2 18:12
萃取剂分子聚成一个或两个团簇，这不就是已经相分离了么？你给出的文件里没有轨迹文件或者结构文件，我们也 ...

结构文件太大了我发不了，社长在qq群里回复说这样的结构明显不正常，让检查一下拓扑文件，但具体检查哪些项我想问下

萃取剂分子聚成一个或两个团簇，这不就是已经相分离了么？你给出的文件里没有轨迹文件或者结构文件，我们也不清楚你描述的具体是什么状态。