正常

那个不是报错，pmemd正常跑完都会见到那个note。

mdinfo 显示的是多少ns/day?

GaMD 会比cMD慢一些的，没理解错的话是因为他要算bias跟固定频率算平均的potential，至于慢多少要看体系跟setup。

Amber也要特别检查一下输出全原子轨迹的频率，无论是netcdf还是mdcrd格式，这个ntwx太小的话用HDD可以拖慢好几倍，SSD的话好一点但还是会影响的。这要找到平衡点，我以前GaMD 跑的体系算free energy surface要好看ntwx不可太大。