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求助：能量最小化时显示输入文件单行字符过长超过4095的报错问题

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elemental

发布时间: 2025-3-31 15:15

正文摘要:

本帖最后由 elemental 于 2025-3-31 18:11 编辑各位老师好，学生小白在使用gromacs跑能量最小化，在输入gmx grompp -f BG-sol-em.mdp -c BG-PBC.gro -p bilayer-BG.top -o BG.tpr 指令后便提示输入文件包含的行 ...

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elemental 发表于 Post on 2025-4-1 23:18:58

sobereva 发表于 2025-4-1 21:25
初始结构用packmol还是gmx insert-molecules完全随意，如果没有插入方式的约束的话二者效果一样
[molecu ...

好的！谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2025-4-1 21:25:46

elemental 发表于 2025-4-1 17:21
好的，非常感谢sob老师，应该是编码的问题，学生将itp文件从ANSI改为UTF-8就没有出现此报错了
学生是在 ...

初始结构用packmol还是gmx insert-molecules完全随意，如果没有插入方式的约束的话二者效果一样
[molecules]里的数目和顺序必须和结构文件里的一致。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里特意强调了：

elemental 发表于 Post on 2025-4-1 17:21:40

sobereva 发表于 2025-4-1 01:03
都重新另存为新的文本文件再试
另外，你当前的普通有机分子根本不应该用sobtop基于Hessian算力常数，直接 ...

好的，非常感谢sob老师，应该是编码的问题，学生将itp文件从ANSI改为UTF-8就没有出现此报错了
学生是在尝试做自组装过程的模拟，两种药物分子、共十余个分子的体系，由于是新手所以先用了两个分子模拟进行学习和试错。最开始是使用packmol构建了起始的混合体系，后续将混合体系直接导进Gaussian、Multiwfn及Sobtop产生整个模拟体系的拓扑文件，学生已经认识到这样操作是错误的
请问sob老师是一开始在packmol构建若干分子起始体系、还是使用gromacs盒子插入若干溶质分子哪一种较为合适？于十余个分子的大体系而言，在对单独的两种分子分别生成拓扑文件之后的合并，是否需要严格按照数量与顺序对拓扑文件进行编辑？
再次谢谢sob老师的耐心回答

sobereva 发表于 Post on 2025-4-1 01:03:38

都重新另存为新的文本文件再试
另外，你当前的普通有机分子根本不应该用sobtop基于Hessian算力常数，直接指认GAFF的参数就完了，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ11
而且，拓扑文件应当对单个有机分子产生，认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4

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