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forcefit已经过时了，如今应当用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）计算力常数，比forcefit强大得多。会给出比如这样的信息 Equilibrium distance: 1.390793 Angstrom Force constant: 0.356463 a.u. 3342.133 kJ/mol/A^2 798.789 kcal/mol/A^2 <-----对应(1/2)*k(r-r0)^2的情况 Information inserted into [ bonds ] of GROMACS topology file: ; atom_i atom_j functype r0 (nm) k (kJ/mol/nm^2) 1 2 1 0.139079 3.342133E+05 Information inserted into $BOND of bonded_param.dat: [Bond type name] 399.39 1.3908 |
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