sobereva 发表于 2025-3-27 22:59
只有一张图看不清楚怎么“乱跑”。氢的质量非常小，适当的乱跑是极其正常的。但如果是H-H之间都成键了、H ...

谢谢老师。我在主贴上又上传了一张VMD做的最后一步的构型，有些氢越过Li的平面和C或者Li成键了，应该不行吧。pdb文件太大没办法上传，在压缩包内有这些文件。我们现在也尝试吧氢换成不活泼的氦来试试了。真的感谢老师耐心回复

hanyanc 发表于 2025-3-27 22:54
感谢sob老师。我之前改过TIMESTEP到0.5fs，体系里的氢还是乱跑。主帖上我又上传了TIMESTEP是0.2fs的运行 ...

只有一张图看不清楚怎么“乱跑”。氢的质量非常小，适当的乱跑是极其正常的。但如果是H-H之间都成键了、H原本形成的共价键都明显断裂了，那是肯定不行的。

也不排除当前计算级别对此体系描述得就是不好，稳定性被低估，没准用更低温度模拟可以稳定住（对于“乱跑”确实是不可接受的那种情况而言）。

sobereva 发表于 2025-3-27 21:32
inp没明显问题
注意检查动力学过程中的SCF收敛情况，确保没不收敛。并且尝试减小步长到0.5 fs。并且注意监 ...

感谢sob老师。我之前改过TIMESTEP到0.5fs，体系里的氢还是乱跑。主帖上我又上传了TIMESTEP是0.2fs的运行结果，氢也还是乱跑。我grep了cp2k.log文件，SCF基本上都在18步能收敛，平均温度最高约200K。麻烦问一下老师：MD实际温度对结果怎样用来参考的呢？我导师说氢原子化学性质活泼，有可能这个体系本身就不太稳定导致的

inp没明显问题
注意检查动力学过程中的SCF收敛情况，确保没不收敛。并且尝试减小步长到0.5 fs。并且注意监控MD跑起来后的实际温度

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-26 21:01
（又是一个准备拿分子动力学轨迹训练机器学习势的吧）
看开启了smearing，这个体系属于导体或者带隙很窄的 ...

谢谢老师，是拿来训练机器学习势的。体系是导体。用VMD看还是不稳定。可能是体系结构本身就不合理吧

（又是一个准备拿分子动力学轨迹训练机器学习势的吧）
看开启了smearing，这个体系属于导体或者带隙很窄的情况么？热浴控温才1 K但电子温度设300 K感觉会有问题，注意检查分子动力学每一步SCF收敛情况哦，参考
CP2K中遇到SCF难收敛时的解决方法
http://sobereva.com/665（http://bbs.keinsci.com/thread-37196-1-1.html）
若不清楚如何判断，建议将输出和轨迹文件打包压缩上传为帖子附件。

编辑：CP2K的分子动力学轨迹没必要用M$或者OVITO等看，一般就用VMD，正如http://bbs.keinsci.com/thread-51020-1-1.html所说的，毕竟有可能可视化软件也会影响结构合理性的判断。