gromacs在加热过程中报错显示总势能太高

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发布时间: 2025-3-24 15:29

本帖最后由王肖索于 2025-3-24 16:43 编辑各位老师我的体系在进行gromacs中跑500ns时因为在210ns体系分离，所以我以中间分离前的体系（200ns)为初始体系重新进行600ns，我先在无配体的情况下可以跑600nsMD，但 ...

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王肖索 发表于 Post on 2025-3-26 13:59:28

sobereva 发表于 2025-3-25 22:59
sobtop产生的GAFF力场的拓扑文件根本不兼容CHARMM力场。不要在缺乏力场的基本常识的情况下胡乱混用
蛋白质 ...

好的，谢谢sob老师的解答

sobereva 发表于 Post on 2025-3-25 22:59:50

sobtop产生的GAFF力场的拓扑文件根本不兼容CHARMM力场。不要在缺乏力场的基本常识的情况下胡乱混用
蛋白质力场应当用和GAFF完美兼容的AMBER（目前推荐14SB）

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