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分子自组装模拟,rerun能量分解存疑

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发布时间: 2025-3-20 20:55

正文摘要:

单种阴离子染料分子自组装模拟,通过rerun能量分解之后,得到的分子间范德华和静电作用的总和为正,但是从模拟轨迹显示分子又发生聚集 进行的rerun方式如下,模拟的盒子是6*6*6的盒子,rerun.mdp文件 gmx trjconv ...

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zzw1113978626 发表于 Post on 2025-5-8 21:56:31
miove 发表于 2025-4-12 01:22
gromacs 计算出的分子间相互作用能数据不对是什么原因
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread& ...

谢谢!报名了社长的gromacs培训班,对于这部分已经理解了

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miove 发表于 Post on 2025-4-12 01:22:01
gromacs 计算出的分子间相互作用能数据不对是什么原因
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=76007
(出处: 计算化学公社)
求助:rerun轨迹后分析相互作用,该怎样设定参数
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 7&fromuid=76007
(出处: 计算化学公社)
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