这只是显示问题,因为wrap/unwrap只是调整显示的镜像flag,而合并的时候有时因为文件的flag并没有统一约定(换句话说“参考系”问题),所以偶有显示错误。 不过只要两个体系在合并时,总体的周期性关系本身没问题、能正常跑、跑出来的轨迹是合理的,就不用管它。 |
您好,请问您合并的时候,有没有出现报错?我尝试用read data命令来合并TiO2底板和球形水分子,然后报错ERROR:Subsequent read data induced too many angles per atom (src/read_data.cpp:1763)。 我输入的in文件如下: units real dimension 3 boundary p p p atom_style full neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 0 every 1 check yes #read_data H2O-1.data extra/atom/types 2 extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1 read_data TiO2-001.data extra/atom/types 2 extra/bond/types 1 extra/angle/types 1 #create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 & #extra/special/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1 #第二次调用read_data命令,读取Cu.data,offset关键字说明原子类型+1 #shift设置读取Cu模型后,Cu原子尺寸整体沿-y方向偏移22埃米 #read_data TiO2-001.data add append offset 2 0 0 0 0 #2的意思是将原子序号移动几个 read_data H2O-1.data add append group H2O offset 2 1 1 0 0 #2的意思是将原子序号移动几个 write_data he.data 水的data文件开头如下:LAMMPS data file via write_data, version 29 Aug 2024, timestep = 0, units = real 4110 atoms 2 atom types 2740 bonds 1 bond types 1370 angles 1 angle types 0 111.9 xlo xhi 0 111.9 ylo yhi 0 100.01 zlo zhi Masses 1 15.9994 2 1.008 TiO2文件的开头如下: LAMMPS Description 32400 atoms 21600 bonds 0 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 1 bond types 1 angle types 0 dihedral types 0 improper types 0 111.9 xlo xhi 0 111.9 ylo yhi 0 100.01 zlo zhi Masses 1 47.8670 # Ti 2 15.9994 # 想向您请教一下,我这样运行报错的原因是什么呢 |
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