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cp2k跑分子动力学对轨迹文件区分O类型作图问题

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zaq1

发布时间: 2025-3-18 09:38

正文摘要:

大家好，我用cp2k做从头算分子动力学模拟，主要研究的是水化问题，现在想对轨迹文件中的O原子进行一个区分，有水中的O原子Ow，表面的O原子Ot，这两个我会区分，还有Onb和Ob这两类原子我不会区分，而且我已经用脚本把 ...

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yxdd98 发表于 Post on 2025-3-18 17:10:48

最简单的是你在cp2k输入文件里按照不同原子类型给氧原子命名了，这样在后处理程序（如VMD）里你就可以按照name选择了；其次如果部分原子类型的原子数目不多的话，你可以找到这些原子的序号，在VMD里通过index或serial选择；如果原子数目很多的话那可以考虑通过一些选择语句（比如键连关系、RDF给出的距离关系等）来选择了；如果你关心的原子类型连较固定的近邻关系都没有，那我也不清楚要怎么区分了

liuyuje714 发表于 Post on 2025-3-18 16:47:11

这不得看具体是如何定义的不同类型的氧。有定义才能区分

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