如何绘制分子周围体积空间密度图（等值面）图

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发布时间: 2025-3-14 21:58

想问问各位大佬，我是用lammps跑完溶液体系（溶质-溶剂-固体催化剂）。我想看溶质分子周围溶剂分子的分布、催化剂周围溶质溶剂分子的分布，然后想做出类似下面这种等值面图，请问有无方法

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XIANGCAI 发表于 Post on 2025-3-25 20:29:47

sobereva 发表于 2025-3-25 20:15
我不用lammps
VMD里想对什么原子统计，就写对应的选择语句就行了，不牵扯到动力学程序里做什么分组

好滴，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-3-25 20:15:48

XIANGCAI 发表于 2025-3-25 18:56
老师好，我还想问下用这种方法计算溶质周围溶剂的SDF的话，是不是也要在lammps的in文件中分别把溶质和溶 ...

我不用lammps
VMD里想对什么原子统计，就写对应的选择语句就行了，不牵扯到动力学程序里做什么分组

XIANGCAI 发表于 Post on 2025-3-25 18:56:57

sobereva 发表于 2025-3-15 06:48
VMD的volmap插件计算空间分布函数（sdf），显示成等值面。论坛里我回答过很多次，首页全文搜索框搜volmap

老师好，我还想问下用这种方法计算溶质周围溶剂的SDF的话，是不是也要在lammps的in文件中分别把溶质和溶剂分组呀，然后还需不需要其他相关的命令呀。我看了讲义中的gmx中的操作，但是在lammps中有点不会设置。

XIANGCAI 发表于 Post on 2025-3-16 20:52:25

sobereva 发表于 2025-3-15 06:48
VMD的volmap插件计算空间分布函数（sdf），显示成等值面。论坛里我回答过很多次，首页全文搜索框搜volmap

好的，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-3-15 06:48:07

VMD的volmap插件计算空间分布函数（sdf），显示成等值面。论坛里我回答过很多次，首页全文搜索框搜volmap

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