计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 计算单个SDS表面活性剂分子在水溶液中的SDF，产生相模拟 ...

计算单个SDS表面活性剂分子在水溶液中的SDF，产生相模拟第7ns分子断裂

查看数: 423 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

niuwenjin

发布时间: 2025-3-9 08:10

正文摘要:

各位老师好我现在在计算阴离子表面活性剂SDS分子对水分子的空间径向分布，在预平衡模拟后整体分子结构正常，但运行50ns产生相模拟的时候往往第7/8nsSDS分子发生分裂了。其中mdp文件选择的是冻结SDS分子。初始 ...

回复 Reply

niuwenjin 发表于 Post on 2025-3-10 13:28:00

sobereva 发表于 2025-3-9 22:31
挨个检查项，确保断的键有对应的bond项且参数合理，并且原子顺序与结构文件一致

sob老师
这个itp文件我是通过sobtop结合multiwfn对SDS表面活性剂（电荷负一）
我又检查了下，原子顺序是一致的（构建模拟文件的gro文件是sobtop产生的），[bonds]项我没有发现什么问题。
您看还会有什么因素吗
我尝试了调节补偿，从2fs到1fs 结果分子断裂的时间往后延长了些

sobereva 发表于 Post on 2025-3-9 22:31:32

挨个检查[bonds]项，确保断的键有对应的bond项且参数合理，并且原子顺序与结构文件一致

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register