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聚合物分子使用pdb2gmx产生TOP报错?

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发布时间: 2025-3-4 00:28

正文摘要:

在24年参加了sob社长的分子动力学与gromacs培训班受益匪浅,回来以后尝试计算蛋白与聚合物分子的相互作用。但是由于该聚合物分子没有现成的力场参数,因此在多方、多次向sob老师请教后,成功用g16配合multiwfn和Sobt ...

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comfree 发表于 Post on 2025-4-2 16:40:42
我是猫猫大王 发表于 2025-3-12 10:12
请问最后解决了吗 老哥 如果解决了 能否说下解决办法呢

文章发表后我写个聚合物拼接的简易教程,这个问题可参考我帖子里面的回复
comfree 发表于 Post on 2025-4-2 16:38:14
已经解决,感觉是gromacs的一个bug,将.rtp文件里面残基名称改成和.rtp文件名称不一样以后就解决了。注意:.dat文件里面残基是文件名,对应.gro文件里面残基名是.rtp文件内的残基名。但是鉴于后期电荷有调整,加上文章未发表,拼接完的力场包我就不上传了。可以私信我要,也可以等文章发表后我会上传到S上,到时分享在这里,顺便会写个简单教程。
我是猫猫大王 发表于 Post on 2025-3-12 10:12:26
请问最后解决了吗 老哥 如果解决了 能否说下解决办法呢

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