jiangning198511 发表于 2017-3-5 15:15 相差很多。GROMACS最初是从GROMOS派生出来的，是冲着计算效率而发展的，现在已经完全不是同样的面貌。而且GROMOS收费，也没什么优势，如今已经算是很小众程序范畴了。 |
15whyhq 发表于 2017-3-4 20:58 GROMOS96应该和GROMACS差不多吧 |
15whyhq 发表于 2017-3-4 20:58 J. Chem. Phys., 2002, 116, 6941–6947. 这篇文章里写了 |
CPMD GROMAS.PNG (60.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 67)
15whyhq 发表于 2017-3-4 20:58 那篇文章里面就写了，你仔细看看 |
jiangning198511 发表于 2017-3-4 15:16 从哪可以看出它引用的CPMD是用CPMD+GROMACS做的？我看它这个CPMD引用的文献没有提到GROMACS呀？谢谢！ |
15whyhq 发表于 2017-3-3 16:54 GROMACS可以用AMBER的力场，何况他引用的CPMD/MM方法也是用CPMD+GROMACS做的 |
jiangning198511 发表于 2017-3-3 11:58 但是文献写的经典动力学是用AMBER做的呀？ |
15whyhq 发表于 2017-3-3 10:56 从文献来看，中心区域为121个原子，QM处理；外围是43253个原子，MM处理。 应该是用CPMD+GROMACS结合做的 |
jiangning198511 发表于 2017-3-3 10:28 你说的 “ QM/MM MD应该能够处理上千个原子 ”是指中心的QM部分可以处理上千个原子还是指所有的原子？我在这篇文献里面看到他用的CPMD中心QM部分的原子个数是121个，周围的原子有43253个。它这个是amber与CPMD连用的吧。但是我在amber的手册里面没有找到amber可与CPMD连用呀？ |
The molecular mechanism of the ligand exchangereaction of an antibody against a .pdf
2.48 MB, 下载次数 Times of downloads: 16
15whyhq 发表于 2017-3-3 09:23 一百多个就是指全部用第一性原理(AIMD), QM/MM MD应该能够处理上千个原子，但具体如何设置需要参考相关文献了 |
jiangning198511 发表于 2017-3-2 21:08 你说的 “CPMD可以处理100多个原子体系” 是说它处理的中心部分是100多个原子吗，这里的中心部分是用量子力学处理，然后它的周围有成千上万个原子，用分子力学的方法处理，是这样吗？ |
jiangning198511 发表于 2017-3-2 21:08 就算是100多个原子也比较少，况且我是想用CPMD跑QM MM MD，需要算上万个原子，那用CPMD能算QM MM MD 吗？我刚接触动力学这一块的知识，问的问题可能不太好，还请谅解，非常感谢您的解答！ |
15whyhq 发表于 2017-3-2 20:47 好像可以做，具体可以查查GROMACS得手册 |
15whyhq 发表于 2017-3-2 20:12 经典的MD是使用已经拟合好的力场来进行模拟的，可以处理非常大的体系。CPMD是通过第一性原理计算来得到力场，就是粒子每走一步就要计算一下力场，所以处理的体系比较小。我觉得目前CPMD可以处理100多个原子体系。没有图片中讲的那么少 |
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