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文献中使用伞形采样计算主客体结合自由能的一些疑问。

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发布时间: 2025-2-24 20:05

正文摘要:

本帖最后由 niumx 于 2025-2-24 20:06 编辑 如图,本人在学习使用gromacs的伞形采样计算主客体结合自由能时,看到一篇文章,结合自己的实际模拟实验,有以下几个问题: 1、此处在计算伞形采样时,仅仅考察了一个 ...

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niumx 发表于 Post on 2025-2-25 18:55:50
Dempey 发表于 2025-2-25 15:40
1. 一组主客体分子也可以进行伞形采样,采样是否充分要看histogram的曲线间重叠得是否充分。如果考虑环境也 ...

非常感谢您的回复
对于问题1和2,如果我使用一组主客体分子,并且采用NPT系综的话,那么,怎样进行拉伸获取窗口,继而进行伞形采样呢?我疑问的地方是:NPT系综+一组主客体分子,因为有压力存在,盒子就会被压的很小,盒子中没有足够的空间进行拉伸获得窗口;而如果是NVT系综,盒子可以设置得比较大,有足够的空间进行拉伸;但是我的体系又主要考察压力的影响,所以必须选择NPT系综,这令我很头疼,是不是最好是考虑环境进行伞形采样比较好?(考虑环境的话会使体系变大,在一定压力下有足够的空间进行拉伸,但是机时会增加)

对于问题3:如何根据自己得体系选择力常数呢?
Dempey 发表于 Post on 2025-2-25 15:40:19
1. 一组主客体分子也可以进行伞形采样,采样是否充分要看histogram的曲线间重叠得是否充分。如果考虑环境也可以。
2. 为什么NVT系综会不考虑PBC和cut-off呢?我没有理解
3. 采样结果可用需要histogram的曲线充分重叠,对于高能区需要很大的弹簧力才能把构型维持住,弹簧力很大又会造成曲线变瘦,不容易有重叠,所以需要更小的采样窗口间隔

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