maoxinxina 发表于 2025-2-20 16:13 CV设置合理 应该是要回去的 |
嘤嘤嘤 发表于 2025-2-20 19:59 这个我还不会。 |
| 请问plumed.dat文件里的well，和meta值怎么设定啊 ？ |
1138711019 发表于 2025-2-20 15:53 嗯，谢谢。增加时长Li就有可能跑回去吗。 |
| 看轨迹 Li没有回去的意思呢，试试增加Gaussian hills，另外时长也不够哇，肯定还是要增加时长的 |
本帖最后由 ljh123 于 2025-2-20 14:50 编辑 maoxinxina 发表于 2025-2-20 09:38 如果你的CV找的没问题的话，大概率是轨迹跑太短了。你这个图看起来就是还没填充完。如果真的复合你的推测的话，后续自由能曲线在CV的两端是一个峰谷，CV中间有一个峰，其实你这个也有点雏形了。你也可以试着把PACE调小看看，比如50，让偏置势快点填满势能面 |
ljh123 发表于 2025-2-19 23:11 我上传到那个mp4文件了，能帮忙看下吗，谢谢了。 |
maoxinxina 发表于 2025-2-19 23:01 你没上传轨迹说不准。但是元动力学算自由能，仅仅是发生了一次反应可不够，得让他不断地发生正逆反应，其实也就是充分采样。 |
ljh123 发表于 2025-2-19 22:36 还要继续跑吗，我看Li已经跑下来了，算是脱溶剂化完成么。 |
| 5000fs总时长，只积累了10个高斯函数，还看不出什么啊 |
sobereva 发表于 2025-2-19 13:39 不好意思哈，现在学会了。下次不会了。 |
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认真看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图 |
| 有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。 |
| 这个是有关配位数对应的fes.dat |
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