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如何用pull代码实现给水分子层恒定速度，以研究剪切过程

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本主题由 sobereva 于 2025-2-19 13:55 审核通过

kijsan

发布时间: 2025-2-19 10:52

正文摘要:

已建立油-水两相周期性体系，上层为油，下层为水，已充分弛豫。现想给底层水分子施加一个恒定的X方向速度，仿照培训班中金属棒剪切代码进行设置。已选取图示框选水分子为“pullsol”，建立索引文件。以下为pull代 ...

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牧生 发表于 Post on 2025-6-20 11:24:41

本帖最后由牧生于 2025-6-20 11:28 编辑

deform功能可以实现剪切模拟。

但是看起来你的意思是想看某一个层中的分子/原子具有一定的速度，然后带动附近的分子/原子移动。这个应该是给某些分子/原子赋予一个初速度，然后跑MD。你看下这个是不是你想要的效果http://bbs.keinsci.com/thread-37958-1-1.html

liyingxue 发表于 Post on 2025-6-20 10:54:35

kijsan 发表于 2025-2-19 15:44
谢谢您的回复。我试过了，还是不行。不过我试了试用accelerate，给水层一个加速度，倒是可以跑。不过这样 ...

您好，请教一下您现在怎么对水层进行模拟的，成功了吗

kijsan 发表于 Post on 2025-2-19 15:44:11

本帖最后由 kijsan 于 2025-2-19 15:45 编辑

FrancisCho 发表于 2025-2-19 14:52
按我平时做伞式采样的SMD步骤，试试pull-coord1-geometry = direction-periodic？

谢谢您的回复。我试过了，还是不行。不过我试了试用accelerate，给水层一个加速度，倒是可以跑。不过这样是给的加速度。
我现在还在试其他方法，有没有可能是周期性体系的问题，请问您觉得从理论上来说用pull代码能实现给这个周期性体系水层一个恒定速度吗？

FrancisCho 发表于 Post on 2025-2-19 14:52:38

按我平时做伞式采样的SMD步骤，试试pull-coord1-geometry = direction-periodic？

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