|
发布时间: 2025-2-17 21:05
正文摘要:有偿求助一下大家，对于这样既有氨基酸又有PEG和小分子药物的聚合结构（七种结构，原子数目在580-1000之间），要怎么进行几何优化以及sobtop生成参数，试了很多种方法后面NVT都会崩 或者如果不把他们看做一个整体还 ... |
milk_q 发表于 2025-3-11 20:43 是 |
sobereva 发表于 2025-3-10 22:47 好的 谢谢sob老师，也就是说可以用整体都是GAFF力场的聚合物生产拓扑参数的方法吗 |
milk_q 发表于 2025-3-10 15:42 小分子当然用GAFF 鉴于当前氨基酸残基并不是蛋白质上的，不需要考虑对蛋白质构象描述精度的问题，全都用GAFF也完全可以，这样省事 |
sobereva 发表于 2025-2-18 13:59 sob老师，这里的意思是氨基酸和小分子用Amber，然后根据Gaussian里的原子序号把聚合物手动替换成GAFF吗 |
milk_q 发表于 2025-2-24 18:03 自己手动算，博文写得清清楚楚 RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html） 本来脚本只是为了给不懂Gaussian的人提供个方便而已，怎么成好像必须要用似的... |
sobereva 发表于 2025-2-18 13:59 sob老师，那这里RESP电荷要怎么计算，大分子没法调用multiwfn的脚本 |
milk_q 发表于 2025-2-18 15:38 显然不该量子化学直接算整个体系，除非你用半经验级别的方法 而且对它做量子化学的几何优化毫无意义，这一步又不是需要的 |
sobereva 发表于 2025-2-18 13:59 感谢sob老师的解答，想再请教一下几何优化要怎么办，Gaussian对于这么多原子会崩 |
|
当前问题和Amber程序毫无关系，发帖时别胡乱选择[Amber]分类，这次给你改了，以后注意！ 如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “几何优化和sobtop生成拓扑参数” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。 |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2025-8-18 09:32 , Processed in 0.222772 second(s), 26 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites