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打开VESTA检查.cif文件，可见有很多三氟甲基和叔丁基都是无序状态，显然直接拿这种原子还有分数占据的结构跑分子动力学会得到离谱结果。参考社长博文 实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题 http://sobereva.com/569 涉及盒子尺寸变化的任务（包括变胞优化和NPT系综的分子动力学）应当用pdb或dcd格式记录轨迹，而不是没法同时记录盒子信息的xyz格式。 ……等下，为啥要对这个跑分子动力学？ |
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