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NPT分子动力学RDF问题

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Xiaoyuanhui

发布时间: 2025-1-9 17:35

正文摘要:

各位老师好：想请教一个NPT下RDF计算的问题。我用packmol生成了一个包含Sn Br和有机分子的结构，先跑了NVT，后跑了100ps的NPT，NPT的输入文件附上。在用VMD统计Sn-Br键长的时候，在很短 ...

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Xiaoyuanhui 发表于 Post on 2025-1-12 15:15:09

sobereva 发表于 2025-1-11 00:25
载入dcd轨迹时直接就读入盒子信息了，不需要再做什么

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www. ...

喔，好的，谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2025-1-11 00:25:51

Xiaoyuanhui 发表于 2025-1-10 09:51
谢谢老师，这个问题昨晚解决了。是用VMD处理的时候wrap出了问题，后来把fragment的关键词加进去就好了。
...

载入dcd轨迹时直接就读入盒子信息了，不需要再做什么

北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）的幻灯片专门说了这事：

Xiaoyuanhui 发表于 Post on 2025-1-10 09:51:45

sobereva 发表于 2025-1-10 00:08
既然是NPT，不可能算rdf的时候给每帧用相同的盒子尺寸。当前接近0都有小峰，只可能是盒子问题
应当用dcd轨 ...

谢谢老师，这个问题昨晚解决了。是用VMD处理的时候wrap出了问题，后来把fragment的关键词加进去就好了。
此外，还有一个小问题，我跑NPT的时候是用的dcd记录轨迹，VMD处理计算RDF的时候，需要先pbc盒子大小，这里应该怎么操作啊，因为NPT过程盒子在变，而算RDF又需要先设定盒子尺寸。

sobereva 发表于 Post on 2025-1-10 00:08:12

既然是NPT，不可能算rdf的时候给每帧用相同的盒子尺寸。当前接近0都有小峰，只可能是盒子问题
应当用dcd轨迹，记录的每帧盒子该是多大就多大

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