溶质能量最小化收敛，但solvate水之后，最小化不收敛

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发布时间: 2025-1-5 19:08

本帖最后由 milk_q 于 2025-1-5 19:14 编辑直接对整个系统能量最小化一直不收敛，后单独先对加入盒子的溶质能量最小化提示成功收敛在溶质收敛的基础上填充水（spc216），出现不收敛 writing lowest energ ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-1-7 01:08:23

milk_q 发表于 2025-1-6 09:57
sob老师，我搭建盒子放25个分子后直接能量最小化是收敛的，是不是说明拓扑结构的文件是没有问题的

放的少的时候分子间作用、挤压、碰撞效应很弱，即便拓扑文件真有潜在问题，可能也暴露不出来

milk_q 发表于 Post on 2025-1-6 09:57:33

sobereva 发表于 2025-1-5 21:43
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

sob老师，我搭建盒子放25个分子后直接能量最小化是收敛的，是不是说明拓扑结构的文件是没有问题的

milk_q 发表于 Post on 2025-1-6 09:03:26

本帖最后由 milk_q 于 2025-1-6 09:40 编辑

sobereva 发表于 2025-1-5 21:43
参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

sob老师，搭建盒子之后放入25个分子跑能量最小化是收敛的，是不是拓扑结果没有问题

sobereva 发表于 Post on 2025-1-5 21:43:56

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）的幻灯片：

拓扑文件的检查思想在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说了

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