wuwei1 发表于 2025-1-4 08:24 确实，不过这确实很考验判断，那还得多观察和试错 |
kingsl 发表于 2025-1-4 02:11 首先纠正一个错误想法：不能随便摆一个结构，想着反正软件会优化到合理，拿来就用。其次如果是位点不平整或者说“粗糙”的，我之前是算好几个可能位点跑过渡态的，缺点是烧计算资源，不建议使用。最好的解决方法还是我上面说的，基于领域常识包括吸附态怎么一步下步反应的过程再作调整 |
wuwei1 发表于 2025-1-3 19:11 是的老哥，我是做OOH加氢，我这个初始结构确实有问题，是我自己手动搭建的，但是想着它自己能优化成合理状态所以粗心了，不过我之前做的初始模型不会出现这种低级错误的时候，貌似初始结构也不合理，还是散架了诶，很疑惑这种情况有什么比较好的解决方法？毕竟有时候确实很难预测到这种复杂表面的过渡态。还请不吝赐教 |
wuwei1 发表于 2025-1-3 19:11 诶，文献里面的过渡态结构很简单，我的表面比较奇怪，所以过渡态的形态也很出乎意料（就比如OOH的H扭转在上方这样，文献里面是H向 OOH靠拢）。过渡态不好预测，也有可能导致我经常容易散架。你说的不合理结构，请问怎么样才能尽可能合理点？我可以在预设初始结构基础上结构优化几十步在进行NEB计算这样吗？不然我也不知道咋整，因为这个表面似乎不太平整呢，预测过渡态难度不小。 |
wuwei1 发表于 2025-1-3 18:54 如果我没搞错你这个表面反应是OOH加氢产双氧水的，那你的OOH*加氢有点奇怪，我觉得不应该是HOOH*上的氢跟下面的slab成键，机理上说不过去。因此我觉得还是你插点有问题，估计是nebmake.pl出来的，需要根据文献中报道的模型调整下。 |
kingsl 发表于 2025-1-2 18:45 那可能不是力收敛的问题了，我觉得还有可能是中间插点的结构不合理导致的，原子靠近太近了之类，建议针对跑散CONTCAR对应的POSCAR导出看看，是不是这个问题导致的。 |
本帖最后由 kingsl 于 2025-1-2 18:54 编辑 wuwei1 发表于 2025-1-2 18:05 OK，感谢指正，原子我是一一对应了，严格力收敛是指EDIFF还是EDIFFG？我初末态结构优化设置的是-05和0.02，提高到-7和0.01，应该够严格了吧？ |
| 把初态和末态的结构优化到位（严格力收敛），我一般不会出现这种情况。也可以看看你分子的原子在IS和FS中是不是一一对应的。 |
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