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在VMD移除溶剂化gro文件的水分子操作后，如何进行能量最小化？

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gromacs11

发布时间: 2024-12-23 18:12

正文摘要:

本帖最后由 gromacs11 于 2024-12-25 20:31 编辑 gromcas拟过程中，蛋白质起始结构浸入TIP3P 水分子立方体箱，并且距盒子的边缘至少为 1.0nm 的范围，所有与蛋白质的氧原子距离小于 2.6 Á 的水分子都被移除 ...

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gromacs11 发表于 Post on 2024-12-25 20:25:40

本帖最后由 gromacs11 于 2024-12-25 20:38 编辑

好的，谢谢老师。我想问问在进行溶剂化的gro文件中进行水分子移除操作后，如何进行能量最小化，以及在能量最小化时如何实现总势能之差达到 0.001kJ/mol 以下，我在查阅gromacs官方文件似乎没有提到相关的配置参数。谢谢

sobereva 发表于 Post on 2024-12-24 14:25:21

VMD保存新结构时结合恰当的选择语句，仔细看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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