邝紫莹 发表于 2025-4-16 22:00
谢谢大佬！问题解决了！但是到了NVT 平衡（温度弛豫） 这一块，我输入gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro - ...

原因很多，体系势能过大，mdp中constraints不要用all-bonds，多数情况下只用h-bonds。
但我有看到lincs warning，也可能是你参数不够合理。

日月崇光 发表于 2025-4-16 18:57
itp中重复定义了[ atomtypes ]，将这一部分放到ffnonbonded.itp，或者这一部分新建文件include到forcefie ...

谢谢大佬！问题解决了！但是到了NVT 平衡（温度弛豫） 这一块，我输入gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p x.top -o nvt.tpr成功了，
接下来输入gmx mdrun -deffnm nvt时，报错：Fatal error:Step 0: The total potential energy is 7.99999e+19, which is extremely high.
The LJ and electrostatic contributions to the energy are 1.16296e+10 and
-17159.7, respectively. A very high potential energy can be caused by
overlapping interactions in bonded interactions or very large coordinate
values. Usually this is caused by a badly- or non-equilibrated initial
configuration, incorrect interactions or parameters in the topology.


我重复修改em.mdp的文件里的nsteps、emtol和emstep参数，还有nvt.mdp里的nsteps、dt和ref_t ，感觉作用不大，请老师们指正。

邝紫莹 发表于 2025-4-16 16:43
非常感谢老师您的回复，我是完全的新手，因为急需AF532的结构参数（Llink、wlink、Rdye），所以在网上只 ...

itp中重复定义了[ atomtypes ]，将这一部分放到ffnonbonded.itp，或者这一部分新建文件include到forcefield.itp中

sobereva 发表于 2025-4-13 01:26
用gview打开重新保存成mol2，可以被sobtop正常处理

非常感谢老师您的回复，我是完全的新手，因为急需AF532的结构参数（Llink、wlink、Rdye），所以在网上只能找到通过分子动力学的方式来获得。
根据您给的x.mol2文件，我已经通过sobtop得到了拓扑文件x.top、x.gro和x.itp，我把x.top里的[defaults]的内容删掉，并且加入了#include"amber99sb.ff/forcefield.itp"和#include"amber99sb.ff/tip3p.itp。下一步是创建立方体盒子”gmx editconf -f x.gro -o x_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic“，然后是溶剂化”gmx solvate -cp x_box.gro -cs spc216.gro -o x_solv.gro -p x.top“，这些都能跑出来，到下一步的能量最小化时，输入”gmx grompp -f em.mdp -c x_solv.gro -p x.top -o em.tpr“，一直报错：
”Fatal error:
Syntax error - File x.itp, line 1
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes “实在是不知道哪里出了问题，我的GROMACS 版本是2020.6，我上传了sobtop直接获得的”原始“文件和经过”自己删减与溶剂化处“理过的文件，希望老师能帮忙解答，谢谢！

邝紫莹 发表于 2025-4-12 21:30
老师您好，我也出现跟楼主一样的问题，换了两个软件转换成mol2文件还是不行，也没有出现元素名不对的情况 ...

用gview打开重新保存成mol2，可以被sobtop正常处理

x.mol2 (4.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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提问的时候一定要描述准确，不要没有前提下用“换了两个软件”这种描述，谁也不知道你用的什么软件，认真看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

sobereva 发表于 2025-1-11 00:32
诸如107行的0N10这种原子名都是不合法的，程序没法判断这是什么原子
手动都改成元素名

老师您好，我也出现跟楼主一样的问题，换了两个软件转换成mol2文件还是不行，也没有出现元素名不对的情况，请您帮我看看文件是哪里有问题吗？谢谢

sobereva 发表于 2025-1-11 00:32
诸如107行的0N10这种原子名都是不合法的，程序没法判断这是什么原子
手动都改成元素名

你就是我的神！

诸如107行的0N10这种原子名都是不合法的，程序没法判断这是什么原子
手动都改成元素名

sobereva 发表于 2024-11-21 05:10
不上传mol2别人没法帮你
先照着下文检验格式合理性，看不出问题就上传
谈谈记录化学体系结构的mol2文件

sob老师你好，我上传了mol2文件，能否帮我检查一下，非常感谢

我的经验是，一般都是结构有问题

不上传mol2别人没法帮你
先照着下文检验格式合理性，看不出问题就上传
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）

检查一下mol2文件格式，看有没有什么问题，试试用其他方式转换成mol2文件