如果你用的是gromacs的话，gromacs那个文件夹就会包含你运行MD所需要的一切文件，为了确定，你最好检查topol文件引用的文件是否存在于当前目录下

student0618 发表于 2025-2-24 19:43
It gives a pdb, that can be converted into gro easily using e.g. gmx editconf

Thanks for your kind reply

那年冬天风在吹 发表于 2025-2-23 16:20
charmmgui生成小分子力场是不是没有对应的gro文件生成？

It gives a pdb, that can be converted into gro easily using e.g. gmx editconf

charmmgui生成小分子力场是不是没有对应的gro文件生成？

开始说想用CGenFF，但是那个网址我登陆不了，没法用了

打开gromacs文件夹中的topol.top看看include了什么。
不过只生成CGenFF小分子力场而不是整个体系的话用CGenFF服务器更简单吧？
CHARMM-GUI对新手来说可black box生成输入文件，但真要做模拟应该要更了解拓朴，不应该当它black box使用。