参考帧是gmx rms -s 的tpr哦，所以tpr不同RMSD自然不同。抱歉没写清楚。

感谢提醒，已修改。
参考的结构不同？但如果都是参考的同一个轨迹，但是tpr不同为什么也会导致RMSD不同？而且差别还比较大。那我最优的方法还是分开计算，然后手动合并数据吗？

1. 步長是5-10ps?? 全原子力场一般用1-2fs，HMR或一些联合原子力场 4fs，就算粗粒化Martini也是20-40fs 不是ps哦。
2. `gmx rms` 的 -s 给的是参考帧，参考的结构不同，RMSD当然不同。