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关于GROMACS模拟高温下蛋白变性情况的问题咨询

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yolo-blossom

发布时间: 2024-9-23 14:49

正文摘要:

各位老师好，我试图在373K的温度下进行溶菌酶蛋白的高温模拟，我是希望通过高温的条件使得蛋白出现变性，出现蛋白结构的改变。目前是在OPLS力场下采用了100ns的模拟来进行但是现在问题是100ns结束以后，蛋白的结构 ...

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yolo-blossom 发表于 Post on 2024-9-25 14:12:01

Seyilaxa 发表于 2024-9-24 17:05
高温下蛋白质的变性未必是把整个蛋白的结构破坏，客观上蛋白质的变性可能仅仅表现在某几个关键残基的构象变 ...

非常感谢！

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-9-24 17:05:54

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-9-24 17:09 编辑

高温下蛋白质的变性未必是把整个蛋白的结构破坏，客观上蛋白质的变性可能仅仅表现在某几个关键残基的构象变化，以及骨架波动幅度上的表现。光靠高温很难把蛋白内部的疏水相互作用和氢键完全破坏（即使加入高浓度的变性剂也难以做到这点）
前段时间刚好看到有一篇Ub在高温下的模拟，可以借鉴一下分析方法。10.1007/s00894-024-05928-x

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