CHARMM-GUI生成的文件夹之后怎么用gromacs模拟

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发布时间: 2024-7-22 12:48

各位大佬，我在做一个膜蛋白体系的模拟，用CHARMM-GUI生成了文件夹，里面的gromacs文件夹有一个readme文件，里面的教程命令是这样的： #!/bin/bash # Equilibration init="step5_input" rest_prefix="st ...

回复 Reply

HNUST 发表于 Post on 3 day ago

许正东发表于 2025-8-19 15:56
请问readme脚本怎么运行呢？

csh README
要修改一点点代码

许正东 发表于 Post on 3 day ago

HNUST 发表于 2024-12-14 18:41
readme是一个脚本

请问readme脚本怎么运行呢？

CrysW555 发表于 Post on 2024-12-24 14:21:09

本帖最后由 CrysW555 于 2024-12-24 14:36 编辑

可以把能量最小化的log发出来看一看

HNUST 发表于 Post on 2024-12-14 18:41:27

readme是一个脚本

student0618 发表于 Post on 2024-8-31 02:16:19

看上去minimization時出问题了，导致后来跑不了。
检查一下最后跑到的Log (step6.0_minimization.log)，大概会见到很多warnings。
也用例如VMD检查stepxxx.pdb，那些是出错前的座标。

Biny 发表于 Post on 2024-8-30 19:42:02

关于第一个问题，我也遇到了，参考GROMACS Tutorials的命令，我发现平衡和模拟过程的命名是不含有-v的，所以我就删掉了，删掉之后可以正常允运行，没有报错

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