::TopoTools::mergemol {0 1 ...}   查一下这个命令

GaussView 可以

（1）建立其中一个模型
（2）在第一步的模型中间位置的原子上添加一个虚原子，然后复制第一步的模型。你会在主界面窗口的下方预览到模型结构，用鼠标选择模型中间的原子（和虚原子背对背的原子），选中之后它会黄色高亮。 再用鼠标点击建模窗口（也就是你模型所在的大窗口），在虚原子上点鼠标左键，这样连接的时候就会将高亮的原子和虚原子连在一起。
（3）调节虚原子和连接原子之间的距离，也就是你说的平移。
（4）重复第（2）步和第（3）步的操作

用pymol可以的

然后对目标实施平移，用命令，别手动，这样可以的，效果不错

没法平移复制
可以平移一次保存一次xyz文件，最后自行合并