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求助：纳米颗粒与聚合物的拓扑文件如何生成

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evian

发布时间: 2024-7-2 09:30

正文摘要:

本帖最后由 evian 于 2024-7-2 09:31 编辑金纳米颗粒团簇和聚合物嫁接图片

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slxc920113 发表于 Post on 2024-7-3 11:57:16

evian 发表于 2024-7-3 11:15
好的谢谢社长，还想请教一个问题，就是当聚合物和纳米颗粒团簇嫁接之后的itp文件中，关于伸缩项，作用项， ...

不那么讲究的话，保留一个bond，给一个合适的力场数，angle和dihedral都不考虑，先跑起来看看再说。严格一点就把接枝的部分简化了，和几个金原子的团簇一起做DFT计算拟合力场参数，二面角可以不管，当作自由的。

evian 发表于 Post on 2024-7-3 11:15:35

好的谢谢社长，还想请教一个问题，就是当聚合物和纳米颗粒团簇嫁接之后的itp文件中，关于伸缩项，作用项，键角项，二面角该怎么去写啊

sobereva 发表于 Post on 2024-7-2 20:56:56

先单独产生Au团簇的拓扑信息。直接用北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）讲金属的模拟部分这页ppt里提到的参数。[moleculetype]只含单个Au原子，[molecules]里恰当写上Au的数目

然后用http://sobereva.com/soft/Sobtop创建配体的[moleculetype]，再用[intermolecular_interactions]字段将之给相应的Au之间加上成键项。如果考虑到Au和配体之间的电子转移的话，配体和相连的一个或多个Au需要一起作为[moleculetype]从而合理地指定原子电荷

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