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gromacs中energy中动能项缺失

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Jus

发布时间: 2024-6-28 21:43

正文摘要:

本帖最后由 Jus 于 2024-6-29 16:11 编辑各位前辈们好，我经过如下操作提取的体系中的某一相的edr gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -n -oAB.xtcgmx convert-tpr -n -s md.tpr -o AB.tpr gmx mdrun -s AB.tpr - ...

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Jus 发表于 Post on 2024-7-4 10:17:54

sobereva 发表于 2024-7-2 19:45
你若不设nstvout，trr里就不会带有速度信息，同样也不可能有动能

好的，我再核对一下，非常感谢sob老师的指教

sobereva 发表于 Post on 2024-7-2 19:45:24

Jus 发表于 2024-6-30 08:24
老师你好，我尝试过把xtc换成trr，仍然没有动能项，甚至缺失的更多了

你若不设nstvout，trr里就不会带有速度信息，同样也不可能有动能

sobereva 发表于 Post on 2024-6-30 01:16:31

从原理上理解
对xtc做rerun，每一帧只有坐标没有速度，自然没法得到动能

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