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Linux服务器使用支持CUDA加速的gmx2023.5模拟50ns蛋白-配体复合物体系速度较差

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发布时间: 2024-6-5 12:10

正文摘要:

本帖最后由 12313 于 2024-6-5 12:15 编辑 各位老师好,之前我在Linux服务器中安装了支持CUDA加速的gromacs2023.5版本,使用的CPU指令集为AVX_512,对蛋白-配体复合物在水中进行50ns模拟,但是使用gmx mdrun 运行 ...

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Dempey 发表于 Post on 2024-6-14 08:40:43
xptracy 发表于 2024-6-13 23:40
为啥我 7950X+4090 win10 和 Ubuntu 2019.06 gpu版 9万原子100ns 都要44h

你看看你的mdrun输出中
  1. 1 GPU selected for this run.
  2. Mapping of GPU IDs to the 2 GPU tasks in the 1 rank on this node:
  3.   PP:0,PME:0
  4. PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged interactions on the GPU
  5. PP task will update and constrain coordinates on the GPU
  6. PME tasks will do all aspects on the GPU
复制代码

这一部分是不是都在GPU上,
我的7542/4060Ti跑17.5万原子50ns只要14h大约83.72ns/day,另我亲测9654/4090跑181万原子100ns只要139h大约17.27ns/day
Seyilaxa 发表于 Post on 2024-6-14 00:29:22
xptracy 发表于 2024-6-13 23:40
为啥我 7950X+4090 win10 和 Ubuntu 2019.06 gpu版 9万原子100ns 都要44h

确保任务被负载在GPU上了吗,检查一下GPU的占用率
xptracy 发表于 Post on 2024-6-13 23:40:30
Dempey 发表于 2024-6-5 13:01
应该是你的P400不太行
我在AMD EPYC 7542/4060Ti上运行你的文件只需要6个小时左右,每天206ns

为啥我 7950X+4090 win10 和 Ubuntu 2019.06 gpu版 9万原子100ns 都要44h
12313 发表于 Post on 2024-6-6 08:56:55
sobereva 发表于 2024-6-6 00:42
再怎么最大化都没意义
这GPU就连鸡肋都算不上,拿这种档次的GPU加速,纯属加速个寂寞

好的谢谢老师
sobereva 发表于 Post on 2024-6-6 00:42:59
12313 发表于 2024-6-5 20:15
老师,那我就利用目前的配置条件,能否有办法使其计算速度达到它本身的最大化呢?

再怎么最大化都没意义
这GPU就连鸡肋都算不上,拿这种档次的GPU加速,纯属加速个寂寞
12313 发表于 Post on 2024-6-5 20:15:49
sobereva 发表于 2024-6-5 12:56
GPU忒烂
别试图拿亮机卡做GPU加速

老师,那我就利用目前的配置条件,能否有办法使其计算速度达到它本身的最大化呢?
12313 发表于 Post on 2024-6-5 14:48:51
Dempey 发表于 2024-6-5 13:01
应该是你的P400不太行
我在AMD EPYC 7542/4060Ti上运行你的文件只需要6个小时左右,每天206ns

好的,谢谢老师
12313 发表于 Post on 2024-6-5 14:48:43
sobereva 发表于 2024-6-5 12:56
GPU忒烂
别试图拿亮机卡做GPU加速

好的,谢谢老师
Dempey 发表于 Post on 2024-6-5 13:01:55
应该是你的P400不太行
我在AMD EPYC 7542/4060Ti上运行你的文件只需要6个小时左右,每天206ns

不使用CUDA加速只用32核只需要不到2天时间,每天31ns
sobereva 发表于 Post on 2024-6-5 12:56:52
GPU忒烂
别试图拿亮机卡做GPU加速

这年头最起码弄个RTX 4070再说GPU加速的事

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