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请问，说明书3.3.6中333页，弱力表示中.VMD如何获取？

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lao7

发布时间: 2014-12-13 11:35

正文摘要:

Multiwfn说明书3.3.6，第333页，讲了弱力通过VMD的呈现方法，其中RDGfill.vmd这个文件，我知道这个文件Sob已经做出来放在examples里面了，如果我自己要做这个文件？如何获得呢？是从gaussian计算结果 ...

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lao7 发表于 Post on 2014-12-15 10:40:11

谢谢！我已经弄好图了，如果说明书不懂的地方再请教！

sobereva 发表于 Post on 2014-12-14 16:22:16

lao7 发表于 2014-12-14 14:28
谢谢指教！还有一个问题，涉及到弱力的划分，说明书P332页，图显示“H bond，VDW， strong repulsion ”， ...

pi-pi作用的本质就是范德华作用

lao7 发表于 Post on 2014-12-14 14:28:43

本帖最后由 lao7 于 2014-12-14 14:29 编辑

谢谢指教！还有一个问题，涉及到弱力的划分，说明书P332页，图显示“H bond，VDW， strong repulsion ”，那么苯环的pi作用应该划归什么力呢？我觉得似乎划归VDW合理些？

sobereva 发表于 Post on 2014-12-14 03:10:19

原子符号没出现是因为原子距离绘图平面太远。选择17 Set the distance criterion for showing atom labels，把数值设大即可。

或许你想得到的是分子表面静电势填色图，见
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253

sobereva 发表于 Post on 2014-12-13 17:33:39

RDGfill.vmd是我自己写的VMD脚本，可以用文本编辑器自行编辑。只要你懂得了tcl语言的语法，以及VMD自带的命令的使用，就能根据实际情况来编写出对应的脚本。关于VMD的脚本，看此贴5L的一些说明：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =427&extra=page%3D1

实际上，RDGfill.vmd脚本能做的事情，你在VMD的图形窗口里操作也都能做到，即图形界面里的每一步操作都对应一个命令。所有命令都写到一起，一次性执行，是为了每次绘图比较方便。你可以在VMD里面选file-Log tcl commands to console，然后你每在VMD里修改一个选项，就会在命令行窗口里看到与之对应的命令。利用这个特征，很快就能搞清楚如何写出自己需要的命令行了。

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