求助gromacs退火过程密度的问题

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gjs

发布时间: 2024-3-21 18:24

本帖最后由 gjs 于 2024-3-21 20:51 编辑各位前辈好，我最近刚学习gromacs有些地方不懂还请指教。就是我在进行gromacs退火的过程中发现，体系的密度随着温度的升高在逐渐下降（大致从1500g/cm3降到40g/cm3），但 ...

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gjs 发表于 Post on 2024-3-21 22:07:09

sobereva 发表于 2024-3-21 22:00
可以尝试用c-rescale，原理上更好，兼容动力学的任何阶段

PR若实测能满足要求也可以用

非常感谢老师的回复，期待下个月gromacs培训班，再向老师请教。

gjs 发表于 Post on 2024-3-21 22:06:18

sobereva 发表于 2024-3-21 22:00
可以尝试用c-rescale，原理上更好，兼容动力学的任何阶段

PR若实测能满足要求也可以用

好的，非常感谢老师的指导，期待下个月gromacs培训班能再与老师交流。

sobereva 发表于 Post on 2024-3-21 22:00:12

gjs 发表于 2024-3-21 21:37
谢谢老师，我之前看您在一个帖子说退火是一个变温的非平衡过程，因此不能用PR控压。但是我做了测试发现be ...

可以尝试用c-rescale，原理上更好，兼容动力学的任何阶段

PR若实测能满足要求也可以用

sobereva 发表于 Post on 2024-3-21 21:06:16

可以恒容

gjs 发表于 Post on 2024-3-21 20:40:24

本帖最后由 gjs 于 2024-3-21 21:04 编辑

sobereva 发表于 2024-3-21 18:35
这种事看轨迹判断原因
40g/cm3时分子肯定已经极其分散了，靠距离非常远因此弱到可忽略不计的分子间相互作 ...

谢谢老师的回复，刚才看了退火的轨迹并选择了初始，中间和结束的几帧放下在了帖子里，发现形成了两个距离非常远的大团直到最后，那么这种情况应该如何解决呢？能否直接在恒容的条件下进行退火？

sobereva 发表于 Post on 2024-3-21 18:35:06

这种事看轨迹判断原因
40g/cm3时分子肯定已经极其分散了，靠距离非常远因此弱到可忽略不计的分子间相互作用很难在有限的模拟时间内恢复原状

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