Yancyan 发表于 2024-2-23 20:48
目前问题解决，是cuda11.7版本问题。可以安装低版本cuda来解决。

你安装的是哪个版本的，我也遇到了，类似的问题。同样的体系用30系列显卡正常，40系列显卡就跑散了

目前问题解决，是cuda11.7版本问题。可以安装低版本cuda来解决。

t11b41 发表于 2024-2-23 17:17
我也一直疑惑这个问题，之前组里一直说CPU和GPU的区别（sander和cuda的区别），说CPU适合平衡体系，GPU适合 ...

当然没问题了，速度更快，和sander相比基本没有太明显的差异

我也一直疑惑这个问题，之前组里一直说CPU和GPU的区别（sander和cuda的区别），说CPU适合平衡体系，GPU适合变构体系，听着跟玄学似的，不知道算法背后是不有内在原因。

因为上述原因，我们的体系处理protocol是，最小化（CPU），加温（CPU），预平衡（CPU），模拟（GPU）。CPU计算的速度和cuda加速肯定没法比，结果就是的CPU的算力成了我们的决速步骤了。并且，超过10W原子的体系根本不敢碰，因为根本算不动。

问题：最小化（CPU），加温（CPU），预平衡（CPU）这三个过程是否可以用CUDA去跑？

casea 发表于 2024-2-22 08:28
用sander.MPI运行了多久之后再跑的pmemd.cuda, 之前遇到的情况是直接上cuda体系会直接爆炸，我的做法是先用 ...

您好，您说的这个方法我也尝试过，我用sander.MPI跑了NPT收敛体系，然后用所产生的轨迹文件使用pmemd.cuda进行MD，但是在这个阶段依然会出现同样的问题，如图6所示。体系的构建应该是没有问题的，因为已经在别的机器中跑过，我猜测可能是cuda的问题。正在尝试安装别的版本的cuda来运行

rpestana94 发表于 2024-2-21 22:58
Have you tried with Amber22?

Hello, I have tried using Amber22 and encountered the issue of system crashes during the NPT phase as well.

用sander.MPI运行了多久之后再跑的pmemd.cuda, 之前遇到的情况是直接上cuda体系会直接爆炸，我的做法是先用MPI跑个几百ps之后等体系稳定在用cuda

Have you tried with Amber22?