我是做材料模拟的，可以通过i.s.a.a.c.s这个软件统计静态结构的adf，但是没办法对轨迹文件进行处理

水三斤 发表于 2025-3-22 21:55
您好，请问第二个问题如果解决了的话，可以透露一下吗

compute coord4 4 coord/atom cutoff 5 group water
fix ave4 4 ave/chunk 1 ${step1} ${step1} ave c_coord4 file coord_4.txt
这个是我计算type 4类型原子周围5埃(5埃来自RDF的截断半径)中水分子的数目。我觉得第二个问题可以通过这种命令，将水分子换为你想计算的123456...，然后整合后再根据数量去计算百分比。但是截断半径要如何取，这个可能还是要从一些期刊里面寻找依据。目前这个是我的一些想法，如果有更好的办法希望不吝赐教

您好，请问第二个问题如果解决了的话，可以透露一下吗

759884279 发表于 2024-5-9 11:18
配位数可以参考版主sob老师发布的关于VMD计算配位数的方法，想再咨询一下你是否解决了ADF角分布函数的计 ...

ADF还是不知道该怎么计算

haitaier 发表于 2024-5-8 22:12
无，查的资料里面都没有提到关于这个的事情。我在想是不是要从RDF的结果（RDF第一个峰表内径，第一个谷表 ...

配位数可以参考版主sob老师发布的关于VMD计算配位数的方法，想再咨询一下你是否解决了ADF角分布函数的计算方法呢？

759884279 发表于 2024-4-23 15:25
你好，请问你的问题解决了吗？

无，查的资料里面都没有提到关于这个的事情。我在想是不是要从RDF的结果（RDF第一个峰表内径，第一个谷表外径）里来描述内外径，但是不确定，也不敢乱下结论。

你好，请问你的问题解决了吗？