灵芝5 发表于 2023-12-27 21:29
老师，您好：
谢谢您的解答！

我在别处看到
sed 's/ 2C / CT /g' system_solv_GMX.top | sed 's/ 3C / CT /g' | sed 's/ IP / Na+/' | sed 's/ IM / Cl-/' > system_solv_GMX_corr.top

链接：https://jamesmccarty.github.io/r ... er2gro#reorder-ions
希望有帮助

您通过（2）获取到top和gro之后就可以用grompp命令生成tpr文件了