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MD模拟：1.铜金属基底构建和拓扑文件生成求助；2.固液两相MD模拟的mdp参数设置求助。

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GYQ928

发布时间: 2023-11-28 22:17

正文摘要:

1.如何构建用于GROMACS做MD模拟的铜金属基底（6层，尺寸：5.3*5.3*1.3，单位nm），以及铜金属基底的铜原子拓扑文件怎样生成比较合适？学生目前尝试的结构是用铜（1，1，1）面（从materi ...

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GYQ928 发表于 Post on 2023-11-29 11:05:16

sobereva 发表于 2023-11-29 02:33
铜基底的拓扑信息不是用一般拓扑文件产生工具产生的。
把J. Phys. Chem. C, 112, 17281 (2008)里的Cu的参 ...

感谢社长的讲解，学生会尽快尝试各位老师提到的解决思路。

GYQ928 发表于 Post on 2023-11-29 10:59:56

slxc920113 发表于 2023-11-28 23:02
在AuToFF的晶体模块上传vasp或者cif格式的表面模型文件，选择FCC-Metal力场，然后一路点击下一步到最后下载 ...

十分感谢您的帮助和提到的思路。

sobereva 发表于 Post on 2023-11-29 02:33:17

铜基底的拓扑信息不是用一般拓扑文件产生工具产生的。
把J. Phys. Chem. C, 112, 17281 (2008)里的Cu的参数写到[atomtypes]里定义一个原子类型，然后每个Cu作为一个[moleculetype]。这样靠LJ作用自发就能描述好铜板，而且完全不需要用freeze。
模拟固-液界面情况时至少z方向应当用控压。一般用semiisotropic压浴，真空层自然就消除了。

细节几句话没法说完整，北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有约70页ppt专门详细介绍金属的模拟，包括Cu-水界面：

slxc920113 发表于 Post on 2023-11-28 23:02:44

在AuToFF的晶体模块上传vasp或者cif格式的表面模型文件，选择FCC-Metal力场，然后一路点击下一步到最后下载gromacs格式的拓扑文件。

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