anananante 发表于 2025-3-28 14:55
https://www.bilibili.com/video/BV1rPf7YgEWh/?spm_id_from=333.1391.0.0&vd_source=7387e992296ba2a42f ...

好的好的感谢您

294459463 发表于 2025-3-25 11:17
好的谢谢大佬，我还有一个小的疑问哈。就是假设我有两种不同的分子，分别用autoff分配力场后导出了文件， ...

https://www.bilibili.com/video/B ... 2a42fbaa018efb5b689
照着视频一步一步来就好啦，注意两边一定要对应好

anananante 发表于 2025-3-24 10:46
现在不用这个方法了，可以上网搜一下autoff+moltemplate+packmol联用直接生成data文件的方法，需要ms的建 ...

好的谢谢大佬，我还有一个小的疑问哈。就是假设我有两种不同的分子，分别用autoff分配力场后导出了文件，然后使用packmol给这些分子打包建模，在这里我有一个问题想请教一下，就是这个新建立的盒子的pdb文件，然后后面我就不太清楚如何操作了，怎么把两个分子的it文件合在一起并且根据这个新的pdb文件进行修改呢？


像下面的只需要重新写一个system.lt，打包后用moltemplate运行一下就好了嘛？

294459463 发表于 2025-3-13 08:17
大佬您解决这个问题了嘛，我也遇到这个问题了

现在不用这个方法了，可以上网搜一下autoff+moltemplate+packmol联用直接生成data文件的方法，需要ms的建模可以导出car文件之后用LUNAR包里面的all2lmp转data，或者用EMC的insight2lmp都可以直接生成data

anananante 发表于 2024-8-21 17:16
请问packmol建模之后的文件导入ms中是如何批量将单键改为双键的？发现一堆键全变成单键了也改不回去

大佬您解决这个问题了嘛，我也遇到这个问题了

liu840397562 发表于 2023-10-28 19:58
你太强了哥！ 我忘记检查这个了，MS键的类型是有影响的不是其他软件只要坐标那种。 我更改了一开始的键的 ...

请问packmol建模之后的文件导入ms中是如何批量将单键改为双键的？发现一堆键全变成单键了也改不回去

sobereva 发表于 2023-10-28 23:55
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的sob老师没看清楚，光看到要体现是求助的文字别产生歧义了... 下次明白了~

不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

ZZU_SCU 发表于 2023-10-28 17:19
查看一下，模型优化前的碳氧键是C=O双键，而不是C-O单键

你太强了哥！ 我忘记检查这个了，MS键的类型是有影响的不是其他软件只要坐标那种。 我更改了一开始的键的类型，结构优化就正常啦！ 谢谢

查看一下，模型优化前的碳氧键是C=O双键，而不是C-O单键

naoki 发表于 2023-10-28 16:59
把Optimize cell勾上看看，你固定了cell尺寸去优化显然不合理啊

你好，我尝试了一下，键长依旧会增长到2点多3点多

naoki 发表于 2023-10-28 16:59
把Optimize cell勾上看看，你固定了cell尺寸去优化显然不合理啊

好的 我试试看先 谢谢您

把Optimize cell勾上看看，你固定了cell尺寸去优化显然不合理啊