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求助:怎么把gromacs的top和gro转成amber的parm和rst?

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发布时间: 2023-8-29 18:42

正文摘要:

你好, 我想把gromacs跑了100ns后的结构,用amber跑一段GaMD模拟。想把gromacs的top和轨迹最后一帧的gro转成amber的parm和rst? 在网上看到可以用parmed转,但目前服务器的parmed不能用。 请问有其它方法可 ...

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Frozen-Penguin 发表于 Post on 2023-8-31 15:36:04
灵芝5 发表于 2023-8-30 20:48
你好,现在服务器的parmed运行时会报这个错,请问可以直接用上面的指令直接安装吗?

只要能联网就可以用上面的命令安装
Frozen-Penguin 发表于 Post on 2023-8-29 20:40:43
可以考虑重新安装parmed,一个命令就能装好
pip:
  1. pip install ParmEd
复制代码

https://pypi.org/project/ParmEd/
或者
conda:
  1. conda install -c conda-forge parmed
复制代码

https://anaconda.org/conda-forge/parmed

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