求助：用Amber20做蛋白配体复合物体系最小化的时候报REPEATED LINMIN FAILURE错误

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发布时间: 2023-6-6 16:54

请教大家下，在蛋白对接后进行Amber MD时，设置maxcyc=100000，ncyc=5000，min.out结果走到5000，然后出现RESTARTED DUE TO LINMIN FAILURE，然后我尝试修改参数ncyc，发现最速下降法跑完，改为共轭梯度时便报错。我 ...

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Shuxian 发表于 Post on 2025-4-28 09:12:08

maxwellxi 发表于 2023-6-16 09:23
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请问是怎么处理的呢

maxwellxi 发表于 Post on 2023-6-16 09:23:41

Serious 发表于 2023-6-7 10:56
个人见解：
1）按照AMBER maillist的说法，是优化到极小值点，没能继续，大抵没有问题；跑段短时间MD看看 ...

好的，谢谢您的解答，后来我又查了处理的FE和氨基酸的配位结构，是配位的问题，感谢

Serious 发表于 Post on 2023-6-7 10:56:54

个人见解：
1）按照AMBER maillist的说法，是优化到极小值点，没能继续，大抵没有问题；跑段短时间MD看看有没有问题；不过H19受到的力挺大。
问题：
2）你给的pdb和截图信息对不上，应提供对应文件，别做修改；我怀疑是去除了溶剂；
3）这个问题本站也有人提过，检索后应当就能解决；

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