计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 请问如何利用单个环糊精(γCD)构建CD-MOF-1并进行动力学 ...

请问如何利用单个环糊精(γCD)构建CD-MOF-1并进行动力学模拟

查看数: 2357 | 评论数: 3 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

clh

发布时间: 2023-3-20 21:38

正文摘要:

尝试模拟环糊精金属有机框架（CD-MOF-1）与小分子的相互作用，根据文献Nanoporous Carbohydrate MetalOrganic Frameworks (doi: 10.1021/ja208224f)中所给出的CCDC号(773709)下载得到单个环糊精的结构，想请教如何构 ...

回复 Reply

yuanen 发表于 Post on 2024-7-5 11:17:28

clh 发表于 2023-3-21 21:09
感谢老师指点。最后用Mercury从cif文件导出了现成的晶体结构。

您好，请问能把这个MOF结构共享一下吗，我也是刚接触γ-CD,MOF,我通过CCDC搜索没有找到相关信息，（晶体结构方面刚接触还不了解具体流程）

clh 发表于 Post on 2023-3-21 21:09:16

感谢老师指点。最后用Mercury从cif文件导出了现成的晶体结构。

sobereva 发表于 Post on 2023-3-21 02:32:04

packmol根本不是用来构建这种有序结构的
去CCDC下载cif而不是mol2。cif弄到gview等程序里看晶体结构，如果有你能抠出来的单元就抠出来用。如果没有需要的晶体结构，就自己在gview里摆，注意环糊精之间K+离子构成的离子键必须和实际结构里的一致

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register